É uma espécie endêmica do continente africano, encontrada no Lago Tanganica e possui 3 sub-espécies: "Maswa", "Karilani Island" e "Kigoma", nome dado de acordo com a região onde cada uma vive no lago.

O habitat do Tropheus duboisi são rochas e cavernas encontradas em profundidades que vão de 4 a 15 metros. A água do Lago Tanganica tem PH variando de 8.8 a 9.3 e temperatura entre 24°C e 28°C.