Em Abril de 1506, durante as celebrações da Páscoa, cerca de 2000 cristãos-novos foram mortos num pogrom em Lisboa e os seus corpos queimados no Rossio. Reinava então D. Manuel I, o Venturoso, e os frades incitavam o povo à matança, acusando os cristãos-novos de serem a causa da fome e da peste que flagelavam a cidade. Os Zarco, uma família de cristãos-novos residentes em Alfama, tinham como patriarca Abraão Zarco, iluminador e membro respeitado da célebre escola cabalística de Lisboa. Depois do pogrom, Berequias Zarco, sobrinho e discípulo de Abraão, vai encontrar o tio e uma jovem desconhecida mortos numa cave que servia de templo secreto desde que a sinagoga fora encerrada pelos cristãos-velhos. Um e outro estão nus e banhados em sangue. Estranhamente, a porta está fechada por dentro. Um manuscrito iluminado, recentemente terminado por Abraão Zarco, em que os rostos dos seus vizinhos e amigos representam personagens bíblicas, desapareceu do seu esconderijo secreto. O assassino teria sido um cristão ou, como os indícios fazem crer, outro judeu? Quem seria a rapariga morta? Estaria o rosto do assassino representado no manuscrito roubado?

"O Último Cabalista de Lisboa" é um extraordinário romance histórico tendo como pano de fundo os eventos verídicos desse mês de Abril de 1506 e pode ser lido a vários níveis, na tradição de um verdadeiro livro cabalístico.